Bastian Schweinsteiger rejoint le Bayern de Munich en 1998 à l'âge de 14 ans, et évolue jusqu'en 2002 au sein des équipes de jeunes du club. Ayant gagné le championnat avec l'équipe des jeunes de l'Allemagne en juillet 2002 il est intégré dans la réserve de l'équipe première du club bavarois qui évolue en troisième division allemande. Après une vingtaine de matchs avec la réserve, il est appelé en équipe première fin 2002. Après seulement deux entraînements avec l'équipe première, l'entraîneur du Bayern Munich Ottmar Hitzfeld lui donne l'opportunité de faire ses débuts comme remplaçant lors d'un match de Ligue des champions.